Como sabemos, um certificado digital do tipo CNPJ é a identificação de uma pessoa jurídica em ambiente virtual, um documento eletrônico que identifica e gera assinatura digital de seu titular.

No caso do e-CNPJ, sua emissão está vinculada ao CPF do representante legal na base da Receita Federal e, por isso, poderá ser utilizado em quaisquer operações que exijam um certificado digital, no padrão ICP-Brasil, sem restrições.

No caso do e-PJ, sua emissão pode ser vinculada a um terceiro, responsável pelo seu uso, em nome da pessoa jurídica. A requisição deste tipo de certificado ocorre com a presença física do titular, junto com um terceiro, à Autoridade de Registro; ou o terceiro sozinho, desde que, portando uma procuração pública com poder específico de requerer certificado digital pela empresa junto à ICP-Brasil, conforme modelo disponível neste link.

O e-PJ, no entanto, por não estar vinculado ao representante legal na base da Receita Federal, não realizará operações no âmbito desta Autarquia, nem mesmo acessará o e-CAC. Poderá emitir NF-e, CT-e, acessar a Conectividade Social, entre as demais operações.